Durante la Edad Media, la localidad de Matabuena se incluía dentro de las posesiones que tenía el monasterio de Santa María de Aguilar de Campoo desde el curso del río Rubagón hasta el Pisuerga.
A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional que en el censo de 1842 contaba con 7 hogares y 36 vecinos, para posteriormente integrarse en Santa María de Nava.
La iglesia de San Andrés de Matabuena, construida en su mayor parte en excelente sillería arenisca de grano fino y vetas amarillas y rojizas, se nos presenta como fruto de dos campañas constructivas principales y varias reformas posteriores que más adelante precisaremos. Probablemente, la estructura original del templo era de nave única con cabecera cuadrada, a la que da acceso un arco triunfal apuntado y doblado que reposa en columnas adosadas pareadas. La portada se abría en el muro meridional de la nave y daba luz a la cabecera una ventana abierta en el eje del ábside.
Esta estructura fue notablemente alterada posteriormente, añadiéndose a la nave una colateral al sur abierta a la principal por dos formeros apuntados y doblados que reposan en un pilar cruciforme. La portada románica fue desplazada y remontada en su actual ubicación, respetándose la parte alta del muro sur de la nave y la hilera de canes que soporta su cornisa.
A esta misma campaña se adscriben las reformas que dieron a la cabecera su actual aspecto, respetando la ventana y el perímetro de la original pero añadiendo la bóveda de crucería octopartita sobre ménsulas que la cubre y los contrafuertes prismáticos de las esquinas. La nave se cierra con cubierta de madera a dos aguas - posiblemente el mismo sistema de la original tardorrománica - y la colateral a un agua como prolongación de la anterior. La concentración de los sillares de talla y glíptica románicas en el testero de la cabecera y en el muro meridional de la colateral deja patente la importancia de las reformas adscribibles a esta segunda campaña. Sobre el muro del hastial se alza la espadaña, de dos cuerpos decrecientes, el superior con dos troneras y remate con campanil. En época moderna se adosa al hastial la caja de la escalera que da acceso al cuerpo de campanas.
En la primera mitad del siglo XIX se transformó la colateral sur en pórtico, cegándose los formeros con mampostería y condenando la portada románica, que quedó, ya sin función, integrada en el recinto del cementerio adosado al costado sur del edificio. La nueva distribución de espacios aparece datada por una inscripción grabada en el dintel de la puerta que da acceso a la nave.